Example sbatch Scripts [HPC-Cluster-Dokumentation]

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==== Example sbatch Scripts ====

Copy and paste a script when you are using Windows will cause problems with line endings.
You can found more info [[https://support.nesi.org.nz/hc/en-gb/articles/218032857-Converting-from-Windows-style-to-UNIX-style-line-endings|here]].

==== MPI-Job ====
<code>
#!/bin/bash

#SBATCH -o /../../../myjob.%j.%N.out   # Output-File
#SBATCH -D /../../../                  # Working Directory
#SBATCH -J Hello-World_MPI	# Job Name
#SBATCH --nodes=2 		# Anzahl Knoten N
#SBATCH --ntasks-per-node=20 	# Prozesse n pro Knoten
#SBATCH --ntasks-per-core=1	# Prozesse n pro CPU-Core
#SBATCH --mem=500M              # 500MiB resident memory pro node

##Max Walltime vorgeben:
#SBATCH --time=72:00:00 # Erwartete Laufzeit

#Auf Standard-Knoten rechnen:
#SBATCH --partition=standard

#Job-Status per Mail:
#SBATCH --mail-type=ALL
#SBATCH --mail-user=vorname.nachname@tu-berlin.de

module load $MODULES

mpirun $myApplication
</code> \\

==== Single-Node-Job ====
<code>
#!/bin/bash

#SBATCH -o /../../../myjob.%j.%N.out   # Output-File
#SBATCH -D /../../../                  # Working Directory
#SBATCH -J Hello-World 		# Job Name
#SBATCH --ntasks=1 		# Anzahl Prozesse (CPU-Cores)
#SBATCH --mem=500M              # 500MiB resident memory pro node

##Max Walltime vorgeben:
#SBATCH --time=72:00:00 # Erwartete Laufzeit

#Auf Standard-Knoten rechnen:
#SBATCH --partition=standard

#Job-Status per Mail:
#SBATCH --mail-type=ALL
#SBATCH --mail-user=vorname.nachname@tu-berlin.de

# benötigte SW / Bibliotheken laden
module load $MODULES

echo "Running $myApplication on a single CPU core"
$myApplication
</code> \\

==== GPU-Job ====
<code>
#!/bin/bash

#SBATCH -o /../../../myjob.%j.%N.out   # Output-File
#SBATCH -D /../../../                  # Working Directory
#SBATCH -J Hello-World_GPU	# Job Name
#SBATCH --ntasks=2 		# Anzahl Prozesse P (CPU-Cores) 
#SBATCH --cpus-per-task=1	# Anzahl CPU-Cores pro Prozess P
#SBATCH --gres=gpu:tesla:2	# 2 GPUs anfordern
#SBATCH --mem=500G              # 5GiB resident memory pro node

##Max Walltime vorgeben:
#SBATCH --time=72:00:00 # Erwartete Laufzeit

#Auf GPU-Knoten rechnen:
#SBATCH --partition=gpu

#Job-Status per Mail:
#SBATCH --mail-type=ALL
#SBATCH --mail-user=vorname.nachname@tu-berlin.de

# benötigte SW / Bibliotheken laden (CUDA, etc.)
module load $MODULES

$myCUDA_Application
</code> \\

==== openMP-Job ====
<code>
#!/bin/bash

#SBATCH -o /../../../myjob.%j.%N.out   # Output-File
#SBATCH -D /../../../                  # Working Directory
#SBATCH -J Hello-World_OpenMP	# Job Name
#SBATCH --nodes=1 		# Anzahl Knoten N
#SBATCH --ntasks=1 		# Anzahl Prozesse P
#SBATCH --cpus-per-task=4 	# Anzahl CPU-Cores pro Prozess P
#SBATCH --mem=500M              # 500MiB resident memory pro node

##Max Walltime vorgeben:
#SBATCH --time=72:00:00 # Erwartete Laufzeit

#Auf Standard-Knoten rechnen:
#SBATCH --partition=standard

#Job-Status per Mail:
#SBATCH --mail-type=ALL
#SBATCH --mail-user=vorname.nachname@tu-berlin.de

module load $MODULES

# z. B. 1 Prozess mit 4 OpenMP-Threads
export OMP_NUM_THREADS=$SLURM_CPUS_PER_TASK

$myApplication

</code> \\